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Protein.xls

表头名称 含义
Accession蛋白质的登录号,主要来源有Uniprot/NCBI
Description蛋白质在数据库中的功能描述信息,包括蛋白名称、物种名称(OS=)、基因名称(GN=)
Coverage覆盖率(百分数),蛋白在质谱分析中鉴定到的氨基酸数目占蛋白组中得分最高的蛋白质总氨基酸数目的比例
Score搜索结果的总和打分,该蛋白所鉴定到肽段的打分总和
Peptides肽段数目,鉴定某蛋白质组的全部肽段数目,相当于用于定性的肽段数目
PSMs二级肽段谱图数,即可定性鉴定到多肽的二级肽段数目
Unique Peptides唯一肽段数,专属于某一蛋白质组的肽段数
AAs氨基酸个数,蛋白序列长度
Proteins蛋白组中所含有的蛋白数目
MW[kDa]蛋白理论的分子量
Calc.pl蛋白质的等电点

Peptides.xls

表头名称 含义
Sequence 多鉴定到多肽的序列
Protein Groups 蛋白组个数,即多肽出现在几个蛋白组中
Proteins 蛋白个数,即多肽出现在几个蛋白中
Peptides 肽段数目,鉴定某蛋白质组的全部肽段数目,相当于用于定性的肽段数目
PSMs 二级肽段谱图数,即可定性鉴定到多肽的二级肽段数目
Protein Group Accessions 最佳的匹配蛋白组登录
Modifications 肽段修饰类型
MH+ [Da] 肽段理论单电荷分子量
q-value 统计学计算,数值越小越好
PEP 后验错误概率,数值越小越好

**质谱实验中常见污染

污染名称 分子量 怎么避免污染 来源
Keratin55KDa-60KDa保持实验条件无尘,经常打扫保持卫生来源于空气、皮肤,甚至衣服
PEG44Da

• 通过SDS-PAGE胶可以去除样本中大部分去除剂中的PEG污染

• 所有试剂和耗材要是一次性最新的

Triton X-100, Tween, NP-40等去污剂通常含有PEG成分