蛋白质是由多个氨基酸经过脱水缩合连接在一起形成的。氨基酸的排列顺序，决定蛋白质的一级结构。蛋白的结构定义了蛋白质的功能。对抗原、抗体进行测序，是抗体相关项目的必经步骤。随着科技手段对质谱的赋能，使得在足量样本前提下，质谱技术可实现对该抗体、抗原样品进行抗体测序。这在药物研发、诊断试剂开发中具有重大意义。抗体氨基酸序列，如CDR区域的氨基酸序列是决定蛋白质功能的核心，对其完整序列准确快速的分析对抗体相关项目的作用尤其关键。
Aimsmass提供以下蛋白序列分析：
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查看由于通过体细胞重组、超突变和重轻链配对可以获得高度的序列多样性，抗体可以结合大量分子多样性的抗原。因此，通过绘制抗体库，抗体的序列信息对于理解抗原结合的结构基础、体细胞超突变如何控制亲和力成熟以及全面了解健康和疾病中的适应性免疫反应至关重要。此外，抗体已成为生命科学中宝贵的研究工具，并且作为治疗剂得到了越来越广泛的开发。在这种情况下，序列信息对于这些重要研究工具和生物药剂的使用、生产和验证至关重要。大多数基于 MS 的抗体测序策略依赖于蛋白质组学类型的自下而上液相色谱 - 串联质谱 (LC-MS/MS) 工作流程，其中抗体产物被消化成较小的肽以进行 MS 分析。 (14,18−23)然后通常使用可用的种系抗体序列作为模板来指导从头肽读数的组装。
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个性化免疫疗法和针对患者的特定方法成为可用于对抗癌症的常规方法和靶向疗法的有吸引力的替代方案。一些免疫疗法考虑针对肿瘤相关抗原 (TAA) 进行更个性化的治疗，TAA 可以作为生物标志物并被肿瘤细胞过度表达，或者使用源自肿瘤特异性 DNA 的肽新抗原。存在于癌细胞的主要组织相容性复合体 (MHC) 上的肽表位可以揭示肿瘤特异性突变和基序。MHC 分子由人类白细胞抗原基因 (HLA) 编码，人类白细胞抗原基因是人类基因组中多态性最强的基因簇。因此，免疫肽组是一组高度通用的肽，它们呈现在细胞表面，呈递给 T 细胞受体 (TCR)，在它们被识别后，激活 T 细胞。质谱 (MS) 是蛋白质组发现中不可或缺的工具，因此，它被广泛用于临床分析患者样本并帮助他们进行治疗。MS 的新技术发展改进了癌症特异性抗原的靶向和鉴定，作为抗原特异性治疗的基础。
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