液相色谱联用串联质谱(LC-MS/MS)已经成为测量蛋白质、代谢物和脂质等生物分子不同状态的最有力工具。LC-MS技术的应用已经从生物模型系统扩展到临床标本,包括组成和动态范围高度不同的体液和组织,在数百到数千个样品的大型项目中。数据独立采集(DIA)是串联式采集方案的一种质谱,是独立的前驱体离子的组成碎片化,自从它第一次与针对蛋白质组学研究的数据分析。
与基于数据依赖采集(DDA)的方法获取选定前体离子的MS/MS(或MS2)数据不同,DIA技术在不偏向前体离子选择的情况下同时获取MS1和MS2数据,克服了DDA固有的不可重现性和欠采样的局限性。DIA技术可以在隔离窗口内获取所有前驱体离子的MS2光谱,以获得全质量范围内完整的MS/MS数据,而无需事先了解前驱体,这是其他目标方法所需要的,包括选择性反应监测(SRM)和平行反应监测(PRM)。同时仍保持目标数据分析在准确性、再现性和一致性方面的可比特征。
数据独立采集(DIA)质谱的最新进展提供了比传统的数据依赖采集更高的灵敏度和蛋白质覆盖率。DIA通过一组预先定义的肽前体隔离窗口循环,在整个液相色谱梯度中通过400 - 1200米/z步进。所有的肽段都在一个隔离区内同时对窗户进行碎片化,并用串联质谱法进行检测。通过将质谱中的离子峰与包含肽片段离子模式及其色谱洗脱时间信息的谱库匹配来识别肽。数据依赖获取(data dependent acquisition, DDA)是目前最常用的综合定量蛋白质组学方法,但近年来,独立数据获取(data independent acquisition, DIA)因其检测和定量能力的提高而越来越受欢迎。
Aimsmass可以提供专业的DIA蛋白质组学技术服务,可以应用于大样本量数据筛选以及表达差异分析,包括修饰蛋白谱相关服务,积累大量相关服务经验。
实验流程 |
统计分析 |
全局统计分析
所有鉴定到蛋白表达量的分布范围,每条曲线表示一个样本,分布是经过正态分布拟合处理后的,图中纵坐标为频数,横坐标为表达量log10后的数值。 |
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箱式图
箱式图又称盒须图、盒式图或者箱线图,是一种表现有关数据的位置和分散情况资料的统计图。箱型图主要包含六个数据节点,可粗略表达出数据是否有对称性,分散程度等信息。 |
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PCA分析
主城成分分析(PCA分析)是数理统计中的一种降维分析方法,将一组数据的主要矛盾提取出来,提取出的核心要素成为“成分”(component),并以百分比排序。排名靠前的主成分可以反应复杂的数据中的关键信息。 |
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火山图
火山图(Volcano Plot)在一张图中显示了两个重要指标(Fold change/p-Value),可以非常直观且合理地筛选出在样本之间发生差异表达的基因。 |
功能注释分析 |
GO注释
基因的本体论(Gene Ontology)是建立一套特定的词汇集合来描述生物学功能,以此对基因功能注释统一化。用于描述生物学功能的词汇必然反映生物学功能的本质。 |
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KEGG分析
京都基因与基因组百科全书(KEGG)是基因组破译方面的数据库,整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。 |
蛋白聚类与互作分析 |
聚类热图
聚类热图(heatmap)是通过排列矩阵的行列,将相似的数值放在一起展示聚类分析结果的图像,以直观的呈现多样本多个基因的全局表达量变化,呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。 |
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蛋白互作图
蛋白互作图(PPI)预测蛋白之间的相互作用的示意图,每一个圆形表示蛋白质,球之间的线条表示蛋白之间的相互关系,蛋白作为细胞功能执行者,不是凭借单个蛋白独立执行,而是依靠蛋白之间相互作用执行功能。 |
样本类型 | 细胞系 | 动物组织 (鸡肉&器官) |
动物组织 (骨骼&软骨) |
植物组织 (叶片&花) |
植物组织 (种子&根茎) |
血清/体液 | 酵母/微生物 | 蛋白溶液 |
送样要求 | 1×107个 | 50mg | 500mg | 200mg | 5g | 500μL | 300-400mg | 250μg |
服务流程 |
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