敲除细胞池是使用 CRISPR-Cas9 技术生成的异质细胞群体,其中特定基因被靶向敲除。该过程涉及设计和合成靶向感兴趣基因的导向 RNA(gRNA),将 CRISPR-Cas9 试剂转染到细胞中,并允许细胞增殖。由于转染效率和 CRISPR-Cas9 活性不会达到100%,敲除细胞池将是具有不同基因型的细胞混合物。
1.设计和构建 CRISPR-Cas9 试剂:包括设计和合成靶向感兴趣基因的导向 RNA(gRNA)。
2.细胞转染:将 CRISPR-Cas9 试剂与 gRNA 一起转染到目标细胞中,使用电穿孔或脂质介导转染等方法。
3.转染细胞的筛选:转染后,通常使用适当的标记物(如抗生素抗性或荧光蛋白)对细胞进行筛选,以富集摄取 CRISPR-Cas9 试剂的细胞。
4.转染细胞的扩增:选择的细胞在培养中被允许增殖和扩展,以生成敲除细胞池。
5.敲除效率分析:可以使用 PCR、Western blotting 或测序等各种方法评估敲除池的敲除效率,以确认目标基因的破坏。
6.敲除池的表征:通过分析细胞的异质性并评估基因敲除的功能后果来表征敲除池。
需要注意的是,敲除细胞池是一种由具有不同基因型的细胞组成的异质混合物,因为转染效率和 CRISPR-Cas9 活性并不是100%高效的。这与克隆敲除细胞系形成对比,后者涉及隔离和扩增具有特定敲除基因型的单个细胞。
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