RNP 复合体定位其基因组目标，gRNA 碱基对与互补 DNA 链，然后酶可以切割两条 DNA 链，从而产生双链断裂。细胞修复机制通过至少两种途径之一来修复 DSB：通过易出错的非同源末端连接(NHEJ)途径或同源定向修复(HDR)，它无缝地结合含有 DNA 的 DNA “手臂”对应于断裂的两边。前者的修复途径通常会导致缺陷的形成和随之而来的基因破坏后者允许实验者插入或改变 DNA 序列。

编辑的效率和准确性取决于 Cas9 和 gRNA 进入细胞的方式。这些组件可能已经交付以核酸的形式或作为预组装的 RNP 复合物向培养的细胞，胚胎或生物体转移。以普通核酸为基础递送方法包括 mRNA 或质粒 DNA 的病毒转导、转染或电穿孔。Cas9 蛋白和引导 RNA 在细胞内产生并结合形成复合体。

RNP 的直接递送需要分离纯化 Cas9 蛋白和引导 RNA。这可以在内部完成，或者蛋白质和 sgRNA 可以从几个商业供应商之一购买。一旦获得，Cas9 和 gRNA 混合形成酶活性 RNP 复合物，通过直接注射到受精卵/胚胎、脂质转染或电穿孔等方式导入细胞。我们公司采用将 RNP 直接导入到细胞中，并推荐一种特殊的电穿孔方式来输送 RNP 在编辑人类原代细胞时。这种方法，细胞核感染，涉及优化的电穿孔程序和细胞类型特异性溶液并允许 RNP 进入细胞质和细胞核。