生物制药的生产过程生产出高度依赖于工艺的异质产品。在行业指南中定义的适当的控制策略，作为从当前的产品和过程理解中衍生出来的一套计划的控制，对于确保过程性能和产品质量是至关重要的。质量由设计（QbD）法规概述了质量被构建到制造过程中，因为产品测试和控制转移到早期制造步骤，以确保最终产品的质量和一致性。
毛细管电泳技术被用于疫苗开发、单克隆抗体和多肽电荷异质性分析、生物标志物检测、细胞裂解液中内源性蛋白的表征和工业生物制药蛋白表征。
例如，曾经 SDS-PAGE 被用于在整个纯化过程中评估生物制药蛋白的纯度和组成，并用于作为批释放试验的原料药分析。还原条件下生物制药蛋白的 SDS-PAGE 分析显示，纯化后的药物物质有4个主要多肽组分，如图所示。其中最小的多肽为 36kDa。这两个中等大小的多肽（分别为 90kDa 和 130kDa）是最大的一个，即所谓的高分子量亚型（HMWI）的水解产物（由胞内蛋白酶活性产生）。
采用双抗体 CE western blot 法分析细胞培养样品中生物制药蛋白的浓度，该方法优于单抗体 CE western blot 法，具有更高的灵敏度和更好的线性。
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