蛋白样本通过1D或者2D凝胶电泳分离后，可以通过考马斯亮蓝染色或者银染染色使蛋白能够可视化，并且选取感兴趣的蛋白进行后续质谱LC-MS/MS进行分析。
胶内蛋白质谱的最大优点就是电泳过程中避免污染物（例如，去污剂或者无机盐）影响后续实验，并且进行酶切后的多肽能够很容易的进行分析检测。然而，胶内质谱的方法有一些局限性，酶切过程中切碎的肽段不容易从凝胶中有效释放到溶液中。另外也可以选择结合溶液内质谱（超链接到溶液内质谱）的方法，通常会在质谱上机前进行1D或2D分离多肽。
实验流程 |
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| 优势 | 不足 | |
| 1D | 成本低; 易准备; 经典分离方法 | 胶中蛋白残留和损失影响鉴定数据的完整和全面 |
| 2D | 分离上千个完整蛋白 | 耗时费力，重复性差 |
| DIGE | 增加2D凝胶电泳的分析速度和准确性 | 耗时费力，重复性差，成本高 |
服务流程 |
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